池塘養(yǎng)殖水環(huán)境中的碳主要有兩種形式：無(wú)機(jī)碳和有機(jī)碳。有機(jī)碳存在于各種動(dòng)植物、微生物、動(dòng)植物、有機(jī)碎屑、海底沉積物和水中的有機(jī)物中。無(wú)機(jī)碳主要以CO2、HCO3ˉ、CO3ˉ及其鹽的形式溶于水，部分無(wú)機(jī)碳以碳酸鹽的形式存在于沉積物中。
通過(guò)在養(yǎng)殖水中添加復(fù)合碳源，增加了水中的碳氮比，異養(yǎng)細(xì)菌的數(shù)量大大增加。水中的氨氮等無(wú)機(jī)氮被異養(yǎng)細(xì)菌同化，產(chǎn)生自己的細(xì)菌蛋白物質(zhì)。水中的細(xì)菌群落、浮游動(dòng)物和懸浮顆粒物形成生物絮凝體，魚(yú)類(lèi)可以通過(guò)生物絮凝體將其吃掉。絮體中大量的異養(yǎng)細(xì)菌可以同化和吸收水中的無(wú)機(jī)氮，殘留餌料糞便中的殘留營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)可以再利用，不僅可以?xún)艋B(yǎng)殖水體，還可以提高飼料蛋白的利用率。在培養(yǎng)后期，可以加入碳源，促進(jìn)水中異養(yǎng)細(xì)菌的生長(zhǎng)，從而吸收更多有毒的無(wú)機(jī)氮化合物，減少其對(duì)培養(yǎng)的危害。
當(dāng)水體的C/N值很小時(shí)，無(wú)機(jī)氮的消除主要依靠水體中的藻類(lèi)和一些自養(yǎng)微生物。當(dāng)C/N值為8-10時(shí)，水體主要依靠自養(yǎng)微生物和異養(yǎng)微生物的協(xié)同作用來(lái)完成去除過(guò)程。當(dāng)水中加入大量復(fù)合碳源使其C/N值提高到15以上時(shí)，系統(tǒng)主要依靠異養(yǎng)微生物去除養(yǎng)殖水中的大量無(wú)機(jī)氮。當(dāng)C/N達(dá)到17.57時(shí)，能促進(jìn)細(xì)菌蛋白的微生物合成，有效降低養(yǎng)殖水體中的氨氮和氮。
水體缺乏碳源，通常會(huì)出現(xiàn)兩種情況：1.不穩(wěn)定藻相：倒伏藻、眼蟲(chóng)和藍(lán)藻、黑水等爆發(fā)。2.細(xì)菌相的不穩(wěn)定性：水體中細(xì)菌相的質(zhì)量是通過(guò)水體的理化指標(biāo)來(lái)表現(xiàn)的，通常表現(xiàn)為氨氮、硫化氫、甲烷、pH等。（水中的溶解氧會(huì)決定細(xì)菌的發(fā)展方向）。
輸入水產(chǎn)養(yǎng)殖水體的復(fù)合碳源好終被水產(chǎn)品和水生生物從水體中去除，從而完成水產(chǎn)養(yǎng)殖水環(huán)境中的碳循環(huán)。因此，通過(guò)提高動(dòng)植物對(duì)餌料和肥料的利用率，減少池底泥沙，減少養(yǎng)殖尾水排放，是提高養(yǎng)殖水體碳循環(huán)效率的有效途徑。
